闽侯县政府办公室设置内设机构16个，即综合科、信息科、督查科(县政府督查室，副科级)、机要科，秘书科、总值班室、外事工作科、人民防空科、城建科、经济科、金融工作科、政府信息公开科、政策法规科、效能综合科、效能督查科、绩效工作科。

　　（一）综合科

　　负责组织起草县政府工作报告、年度政府工作总结、县政府主要领导文稿；负责办理常务会、县长办公会、县长专题会、政府全体成员会等会议纪要；组织草拟县政府年度工作计划安排；负责起草办公室工作部署、情况汇报等综合文字材料；根据县政府领导的指示，组织调查研究，拟写调查报告；组织编写县政府大事记、闽侯县基本情况介绍材料和重要年鉴资料等。

　　（二）信息科

　　负责建立全县政府系统信息网络，开发政务信息资源，编发县政府信息内刊；负责向省政府、市政府和县委、县政府报送信息和专题报告；承担向新闻单位发送县政府重要决策和成果的新闻和通讯稿件；负责协调、落实县政府领导接受记者采访的活动安排及组织起草有关书面材料；负责组织全县政府系统信息人员业务培训。

　　（三）督查科（县政府督查室，副科级）

　　负责督促检查县政府重大决策部署和重要会议决定事项的贯彻落实，组织开展重大专项督查；办理上级领导和县委、县政府及办公室领导批示件的督促反馈工作；督促检查县委、县政府为民办实事项目的办理工作；负责县人大及其常委会的决议、决定和县人大常委会会议审议意见的协调督促、落实反馈工作；负责全国、省、市、县人大代表建议和政协委员提案的落实办理工作。

　　（四）机要科

　　负责县政府及办公室各类文件的收发、传递、清退和归档工作；负责机要文件交换的管理；负责县政府、县政府办公室印鉴的制作、管理和使用；负责文书档案的管理和机要保密工作。

　　（五）秘书科

　　负责机关日常行政事务的管理与服务工作；负责承办或配合做好县政府各种会议的相关会务工作；负责县政府领导有关会议、活动的组织、协调、安排工作；负责县政府及办公室公文办理的复核、协调、管理；负责机关财务、办公用品、设备、车辆的管理；负责政府办公室系统领导的接待工作；负责办公室机关离退休干部的服务工作；负责政府办公室机关机构编制、人事、工资福利管理工作。

　　（六）总值班室

　　负责县委县政府值守应急工作，实行24小时值班制度，负责县委、县政府重要会议、活动的通知；负责接收、处理省、市、本县各级各部门通过值班渠道传送或报送给县委、县政府及县委办、县政府办的有关文电。随时收集掌握县内重大情况和动态，并及时向县委、县政府及县委办、县政府办领导报告重要事项；协助县委、县政府及县委办、县政府办领导处置重大紧急情况；接待来访群众，接听各级领导、各级各部门和群众的来电并按规定程序处理。

　　（七）外事科

　　贯彻执行国家及省、市有关外事工作的方针政策、涉外法规以及县委、县政府有关外事工作的指示和决定；制订全县外事工作规划，协调全县重大外事工作和涉外活动，负责处理或协助处理全县重大的涉外事务，承办县领导出访报批工作和正、副科级人员因公临时出境的审核、报批工作；负责组织接待外宾工作，统筹安排县领导的外事活动；负责对全县外事干部和涉外人员进行外事政策和纪律的教育；配合纪检、监察和保密部门检查外事纪律及保密制度的执行情况；承担县委外事工作办公室日常工作。

　　（八）人民防空科

　　贯彻落实国家和省、市关于人民防空和防灾救灾工作的法律、法规和政策，组织实施人民防空地方性法规、政府规章和政策，依法管理全县人民防空工作；拟订全县人民防空事业发展的中长期规划和年度工作计划，并依法组织实施；拟订全县防空袭方案及各项保障计划并检查落实；组织人民防空演习（练），指导群众防空组织建设和训练工作；制定并组织实施全县人民防空指挥、通信、警报建设规划；指导乡镇(街道)开展人民防空指挥、通信、警报系统建设和管理；负责全县人民防空无线电管理工作。

　　负责监督管理全县人民防空工程建设；指导、监督城市和重要经济目标的人民防空建设；会同有关部门制定并落实人民防空建设与城市建设相结合的规划；指导城市地下空间开发利用中落实人民防空工作要求；指导全县人民防空平战结合工作；监督全县人民防空专用设备器材的生产和安装；负责县级人民防空国有资产的管理，提出编制全县人民防空经费预决算的建议；会同有关部门开展防空防灾宣传教育工作，普及防空防灾知识和技能；负责全县人民防空干部教育培训工作。

　　组织开展人民防空行政执法工作，监督检查全县人民防空行政执法工作；组织开展民防工作，完善全县防空防灾相结合的工作机制，协助有关部门做好平时抢险救灾和应急救援工作；负责人民防空组织指挥工作，战时组织开展城市人民防空袭斗争，协助有关部门消除空袭后果；承担县国防动员委员会人民防空的日常工作。

　　（九）城建科

　　负责办理城乡规划、城市建设、城市管理，国土资源、环境保护、住房保障、房产管理、市政公共事业园林绿化、住房公积金管理、城市轨道交通建设等方面的文电、会务和督查调研工作。

　　（十） 经济科

　　负责办理重点建设、发展改革、物价监管、税务、金融、国有资产管理、统计调查、现代服务业、企业上市、投资促进等方面的文电、会务和督查调研工作。

　　（十一）金融工作科

　　牵头研究落实防范金融风险的工作制度和程序;健全我县金融风险预警和金融突发事件处置机制;承担县防范金融风险联席会议的日常工作;组织协调防范和处置金融风险。

　　（十二）政府信息公开科

　　负责推进、指导、协调、监督全县政府信息公开工作，负责建立健全政府信息公开监督保障机制:负责协调、督促推进全县行政机关的政务公开工作;负责县政府办公室机关政府信息公开的日常工作;负责县政府办公室机关内部电子政务等平台的计算机硬软件系统、网络和通讯设施的建设、管理和维护。

　　（十三）政策法规科

　　负责对县直各部门、乡镇(街道)政府(办事处)提请县政府研究的政策文件进行合法性审查;负责对报县政府常务会议审定的政策文件进行合法性审查;负责对以县政府、县政府办公室名义对外发布的规范性文件进行合法性审查;负责对以县政府名义签订的合同协议进行审核把关;负责对县政府、县政府办公室其他重大决策进行合法性审查:承办县领导交办的其他法律事务。

　　（十四）效能综合科

　　负责县效能办机关综合协调工作；负责县效能办机关重大、综合性文稿的起草及信息报送等工作；负责县效能办的会务、文秘、档案、保密、机要、后勤保障等工作；负责机关效能建设工作的调研及宣传等工作。

　　（十五）效能督查科

　　负责督促落实县委、县政府领导关于机关效能建设的批示;监督检查我县各级各部门对中心工作和重大决策部署的落实情况、各级机关及其工作人员履行职责的效能情况、社会公众反映强烈以及侵害社会公众利益的突出问题;受理公民、法人和其他组织对我县各级机关及其工作人员的工作作风和效能问题的投诉，对投诉事项进行调查处理;对违反机关效能建设规定的行为进行效能问责;受理我县各级机关及其工作人员效能问责的申诉，作出申诉处理决定;负责县机关效能建设监督员的日常联系工作，定期组织开展活动。

　　（十六）绩效工作科

　　负责研究拟订绩效管理工作规划、评估标准和制度规定;指导各乡镇(街道)、县级机关单位实施绩效管理;开展对各乡镇(街道)、县级机关单位绩效管理情况的监督检查;组织、协调绩效评估有关工作，提出整改意见并督促落实。