（一）办公室。综合协调机关和下属单位工作，督促重大事项的落实。承担机关文电、会务、机要、档案、保密、信息、信息化、效能、政务公开、新闻宣传和信访等工作。负责机关和直属单位的机构编制、干部人事等管理工作。负责机关离退休人员工作，指导直属单位离退休人员工作。

（二）水资源管理科（县节约用水办公室、河湖管理科）。承担实施最严格水资源管理制度相关工作，组织实施水资源取水许可、水资源论证等制度，指导并组织开展水资源有偿使用工作。组织编制并实施水资源保护规划。组织、指导水域及其岸线的管理和保护。依法实行河道采砂许可制度，组织实施对河道采砂的监督、管理。

（三）水利工程和管理科（审批科、水旱灾害防御科）。指导水利工程建设管理，拟订有关制度并组织实施。组织全县的重点水利工程的建设、安全鉴定和验收。组织指导城乡防洪排涝工程建设。负责水利建设市场的监督管理和信用体系建设。指导水利行政许可工作并监督检查。承担有关行政审批和行政服务窗口工作。组织实施县政府水利建设投资计划。承担水利综合统计工作。组织、指导水利设施的管理、保护和综合利用，组织编制水库运行调度规程。组织、指导水库、水电站大坝、堤防、水闸等水利工程的运行管理与划界。承担水库、堤防及水闸除险加固和技术改造相关工作。组织编制洪水干旱防治规划等方案并组织实施。承担水情旱情预警工作。组织协调指导蓄滞洪区安全建设、管理和运用补偿工作，承担洪泛区、蓄滞洪区和防洪保护区的洪水影响评价工作。

二、下属事业单位

（一）水电站库区移民中心。负责水利水电工程移民安置等工作的管理和监督，负责水库移民后期扶持扶助政策的实施和监督等工作。

（二）闽侯县水利电力管理站。按权限承担3000千瓦及以下水电站大坝等的安全监管等工作。

（三）闽侯县水土保持服务中心。承担水土流失综合防治等工作。组织编制水土保持规划并监督实施。组织实施水土流失监测、预报。按权限审核生产建设项目水土保持方案并监督实施。

（四）闽侯县排涝管理服务中心。负责侯官、榕桥、十六浦等水闸排涝站机电设备正常运作及日常维修、维护、保养清洁工作及闸站环境管理等工作。

（五）闽江下游防洪堤闽侯县管理处。负责国有防洪堤工程运维管理等工作。

（六）三溪口水库管理处。负责三溪口水库库区日常管理及人员管理。

（七）方山水库管理所。负责方山水库库区日常管理及人员管理。

（八）溪源灌区管理处。负责溪源灌区管理处的人员管理。